Apache でレスポンスヘッダを修正する mod_headers がある
mod_headers - Apache HTTP Server Version 2.4
この機能によると、 Server: Apache x.x.x
といったレスポンスを
<IfModule mod_headers> Header unset Server </IfModule>
といった .htaccess で削除できそうという期待ができるが、そうはならない。これは意図した動作のようだ。
40026 – Impossibility to unset Server Header
どうしても Server ヘッダを消したい場合は、 mod_security にて Server ヘッダの内容を上書きすることで実現できる。
もしくは、前段に nginx などを置くことでヘッダを調整すると良い。